La  commune  de  Merceuil se  situe  au  sud  du département de la Côte d’Or , en limite de celui de la Saône et Loire. Le  territoire communal s’étend sur une superficie de 1380 hectares  et  se  compose du bourg de Merceuil et des hameaux de Cissey au Nord-Est et de Morteuil à l’Ouest. Trois écarts complètent  les sites bâtis sur la  commune  (la  Ferme  de  Répand,  Corcelotte,  et l’ancien  moulin  de  Cissey).  Le  territoire  communal présente une orientation principale Est / Ouest. La commune appartient au canton de Beaune Sud et adhère  à la  Communauté d’Agglomération  de Beaune Côte et Sud qui regroupe 54 communes. Merceuil est  limitrophe des communes de Corcelles-les-Arts,  Tailly,  Demigny,  Montagny-lès-Beaune, Bligny-lès-Beaune, Sainte-Marie-la-Blanche,  Saint-Loup-de-la-Salle et Géanges.

Le  territoire communal est  traversé par  l’autoroute A6  (Lyon-Paris) sur sa partie Ouest. Cette  infrastructure de  transport scinde le territoire communal en deux et isole le hameau de Morteuil du reste de la commune.La  commune  de Merceuil s’est  développée  juste  un  peu  à l’écart  de  la Route  Départementale  n°18  qui  relie   Beaune  à Chalon-sur-Saône. Cette situation géographique lui permet d’être dans l’aire d’influence des principaux bassins d’emplois de ces deux agglomérations.Cette voie départementale permet de rejoindre le hameau de Morteuil et le bourg de Merceuil. Ce dernier et le hameau de Cissey sont traversés par la RD 113D, permettant de rejoindre la commune de Montagny-lès-Beaune.